Gertrude Stein nació en Pensilvania el 3 de febrero de 1874, en el seno de una familia judía. Cuando era pequeña la familia vivió durante un par de años en Europa, debido a que sus padres deseaban inculcar en los hijos la fascinación por la cultura europea, y la sensibilidad hacia el arte y la historia. 

Fue la menor de los cinco hijos de Daniel y Amelia Stein, un acomodado matrimonio de origen judío-alemán-americano.

Aunque de niña vivió en Viena, Austria, y París, Francia, pero se crió principalmente en Oakland, y San Francisco, California. Al vivir en estos diferentes países, aprendió a hablar alemán, francés e inglés con fluidez. También aprendió música y danza.

Su primera educación formal fue irregular, pero era una lectora dedicada y tenía un gran interés en el arte. Cuando tenía catorce años su madre murió, y sólo tres años más tarde murió su padre. Con la familia desintegrada, Stein, junto con una hermana, se trasladaron a Baltimore, Maryland, a vivir con su tía.

Con tan sólo un año de la escuela secundaria, Gertrude Stein, logró ser admitida en 1893 en la Universidad de Radcliffe, en Massachusetts, donde se especializó en psicología y se convirtió en favorita del psicólogo y filósofo William James (1842-1910).

Él descubrió su gran capacidad para la escritura automática, en la que se suspende la mente de vigilia consciente y la mente inconsciente del sueño se hace cargo.

El énfasis de la mente primitiva, a expensas de la mente sofisticada iba a convertirse en una parte importante en la teoría de Gertrude Stein  y se demuestra en la mayor parte de sus escritos.

Gertrude Stein  no obtuvo un grado en Radcliffe ni en la Universidad Johns Hopkins, en Maryland, donde estudió medicina durante cuatro años.

En 1903 se fue a París, Francia, con su hermano Leo. En 1907 conoció a Alice B. Toklas (1877-1967), una acaudalada joven de San Francisco que se convirtió en su compañera de toda la vida y también en su secretaria, ocupándose del manejo hogar, de tipear sus manuscritos, y de controlar de los visitantes. Francia se convirtió en su hogar permanente.

Durante sus primeros años en París se estableció como una defensora de los pintores de vanguardia, apoyánmdolos económicamente con su riqueza heredada. Conocía prácticamente a todos los pintores importantes, entre ellos Pablo Picasso, que hizo un famoso retrato de ella; Henri Matisse, Juan Gris, Andrée Derain y Georges Braque.

Su hermano Leo se convirtió en un famoso crítico de arte, pero su relación, que había sido muy estrecha, se vino abajo en 1912 a causa de un desacuerdo sobre su matrimonio.

Antes de dedicarse al arte, Stein también trabajó en psicología y medicina. Alentada por William James, un prominente filósofo y psicólogo estadounidense que también fue su mentor, Stein se inscribió en la Escuela de Medicina Johns Hopkins en 1897. Sin embargo, durante su cuarto año reprobó un examen importante y abandonó la escuela.

A pesar de que nunca recibió un título, Gertrude Stein,  eventualmente incorporaría sus estudios en su escritura. “Un escritor siempre debe tratar de tener una filosofía y también debe tener una psicología y una filología y muchas otras cosas”, dijo.

“Sin una filosofía y una psicología y todas estas otras cosas no es digno de ser llamado escritor”.

Gertrude Stein causó un gran impacto en la cultura del siglo XX, tanto por su personalidad como por su papel de mecenas de las artes y su propia producción literaria.